朱棣意图为自己开脱，告诉方孝孺此诏书只有他才能起草，方孝儒在朝廷上边哭边骂：“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋。

　　忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流;以此血泪为君殉葬啊，或者另有什么企求。呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤。”并且说：“死就死了，但是诏书绝对不能起草。”朱棣大怒，于是下令将方孝孺处以车裂之刑。

　　在明朝早期的正史中，并未见到方孝孺被诛灭十族，但是在祝枝山的《野记》以及一些其他的传记，还有明末一些文人大学士的书中记载了方孝儒被灭掉了十族，而且当时只有方孝孺的幼子被人救出逃出生天。

　　朱棣对方孝孺诛灭十族，一方面是因为自己被触怒，本来是让方孝儒掩盖自己起兵逼死皇帝的事情，但是方孝孺不仅不同意，反而对朱棣大加指责，于是就触怒了朱棣。

　　另一方面朱棣是为了警示天下，使得众人不敢再对其起兵造反的行为加以指点，也使得天下再无人敢对朱棣起兵而产生异议。