在建文帝，朱允文即位之后，征召方孝孺为翰林侍讲，第二年又升级为诗讲学士，并且让其陪伴在皇帝身边进行服侍。方孝孺博学多才，对待朱允文提出的问题都对答如流，在政治建议上也多有建树，之后方孝儒被任命为文学博士。在燕王朱棣起兵之时，朝廷所有的诏令、檄文等皆出自于方孝孺之手。

　　朱棣率领大军一路南下，越过济南，直接攻到南京。最终南京城破，建文帝下落不明，而方孝孺则被投入监狱。

　　因为当时朝廷所有的诏令、檄文都是出自于方孝孺之手，所以朱棣对方孝儒可谓是恨之入骨，但是姚广孝告诉朱棣，如果杀死了方孝孺那就是断绝了天下读书人的种子，朱棣这才作罢，在方孝孺被入狱之后，朱棣在大殿上召见方孝孺，而方孝孺则是大闹了朝堂，朱棣却很大度的宽恕了方孝儒的行为，朱棣让方孝儒写一份诏书，主要内容是，表明朱棣是效仿周公辅佐周成王，朱棣无意争夺王位，逼死皇帝。